Movable Typeで、最初の記事だけに広告を挿入したい場合について書きます。
記事の前後にバナー広告を入れるとは、また違います。
一番上の記事の下に広告をつけるという書き方が判りやすいかも？？

そのほかにもウェルカムメッセージと記事最後に広告を追加します。
文字で書くと、

　ヘッダ（タイトル）

　ウェルカムメッセージ
　最初の記事
　広告１
　２番目記事
　３番目記事
　　↓
　広告２

となります。
（実際にはこちらのようになります。）

改造するテンプレートはmt.Vicunaです。

まず、モジュールファイルを追加します。
デザイン→テンプレートからテンプレートモジュールモジュールを作成。
テンプレートモジュールを追加

ウエルカムメッセージ　というモジュールをつくります。
モジュール
divタグはレイアウトに合わせるのに入れています。
赤の中に表示させたい内容（ここでは、はじめましてのメッセージ）を入れ、保存。

同様に
　広告いち
　広告に
のモジュールを新規作成します。（広告の時は赤の中に、広告内容を入れる。）

デザイン→テンプレートに戻ります。
インデックステンプレートにあるメインページのファイルを開きます。

そして、太字の部分を足します。

<div id="main"> 　
　<$MTInclude module="パンくずリスト"$>
　<h1><$MTGetVar name="page_title"$></h1> 　
　　　　<$MTInclude module="ウエルカムメッセージ"$> 　
　<MTEntries lastn="1">
　　　　<$MTEntryTrackbackData$>
　　　　<$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>
　</MTEntries>　　　
　　　　<$MTInclude module="広告いち"$>
　<MTEntries offset="1">　
　　　　<$MTEntryTrackbackData$>　　　
　　　　<$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>　
　</MTEntries>　　
　　　　<$MTInclude module="広告に"$> 　
　<$MTInclude module="アーカイブページへのリンク"$>　
　<$MTInclude module="パンくずリスト"$>
</div>

として保存します。
その後、メインページを再構築します。

表示されましたでしょうか？

先ほどの記述の説明は以下の通りです。
まず、記事の上に
<$MTInclude module="ウエルカムメッセージ"$>
で、ウエルカムメッセージモジュールを挿入します。

記事を呼び出す、<MTEntries >にlastn="1"を入れ、最初の記事のみ表示を呼び出しています。

最初の記事呼び出しが終わったあと、

<$MTInclude module="広告いち"$>
で、広告いちモジュールを入れ、

今度は、記事を呼び出す、<MTEntries 以下を繰り返しますが、ここでもMTEntriesにoffset="1"を入れ、最初以外の記事のみ表示させます。

すべての記事が表示された後

<$MTInclude module="広告に"$>
で、広告にモージュールを入れています。

カテゴリー・月別・日別のテンプレートについても同様に修正すれば、同じようにウエルカムメッセージと広告が表示されるようになります。

Movable TypeのファイルをPHP化している場合は

<div id="main"> 　
　<$MTInclude module="パンくずリスト"$>
　<h1><$MTGetVar name="page_title"$></h1> 　
　　　　<?php include("<$MTBlogSitePath$>welcome.php"); ?> 　
　<MTEntries lastn="1">
　　　　<$MTEntryTrackbackData$>
　　　　<$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>
　</MTEntries>　　　
　　　　<?php include('<$MTBlogSitePath$>koukoku1.php'); ?>
　<MTEntries offset="1">　
　　　　<$MTEntryTrackbackData$>　　　
　　　　<$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>　
　</MTEntries>　　
　　　　<?php include('<$MTBlogSitePath$>koukoku2.php'); ?> 　
　<$MTInclude module="アーカイブページへのリンク"$>　
　<$MTInclude module="パンくずリスト"$>
</div>

各モジュールをPHPファイルにして入れてるだけですが。
<?php include("<$MTBlogSitePath$>welcome.php"); ?>
<?php include("<$MTBlogSitePath$>koukoku1.php"); ?>
<?php include("<$MTBlogSitePath$>koukoku2.php"); ?>

等でよいと思います。
welcome.php、koukoku1.php、koukoku2.phpの各PHPファイルは、インデックステンプレートで新規作成して追加します。

そんなワケで、北海道のいで湯ブログもよろしく！