Movable Typeで、最初の記事だけに広告を挿入したい場合について書きます。
記事の前後にバナー広告を入れるとは、また違います。
一番上の記事の下に広告をつけるという書き方が判りやすいかも??

そのほかにもウェルカムメッセージと記事最後に広告を追加します。
文字で書くと、

 ヘッダ(タイトル)

 ウェルカムメッセージ
 最初の記事
 広告1
 2番目記事
 3番目記事
  ↓
 広告2

となります。
(実際にはこちらのようになります。)

改造するテンプレートはmt.Vicunaです。

まず、モジュールファイルを追加します。
デザイン→テンプレートからテンプレートモジュールモジュールを作成。
テンプレートモジュールを追加

ウエルカムメッセージ というモジュールをつくります。
モジュール
divタグはレイアウトに合わせるのに入れています。
赤の中に表示させたい内容(ここでは、はじめましてのメッセージ)を入れ、保存。

同様に
 広告いち
 広告に
のモジュールを新規作成します。(広告の時は赤の中に、広告内容を入れる。)

デザイン→テンプレートに戻ります。
インデックステンプレートにあるメインページのファイルを開きます。

そして、太字の部分を足します。

<div id="main">  
 <$MTInclude module="パンくずリスト"$>
 <h1><$MTGetVar name="page_title"$></h1>  
    <$MTInclude module="ウエルカムメッセージ"$>  
 <MTEntries lastn="1">
    <$MTEntryTrackbackData$>
    <$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>
 </MTEntries>   
    <$MTInclude module="広告いち"$>
 <MTEntries offset="1"> 
    <$MTEntryTrackbackData$>   
    <$MTInclude module="ブログ記事の概要"$> 
 </MTEntries>
  
    <$MTInclude module="広告に"$>  
 <$MTInclude module="アーカイブページへのリンク"$> 
 <$MTInclude module="パンくずリスト"$>
</div>

として保存します。
その後、メインページを再構築します。

表示されましたでしょうか?

先ほどの記述の説明は以下の通りです。
まず、記事の上に
<$MTInclude module="ウエルカムメッセージ"$>
で、ウエルカムメッセージモジュールを挿入します。

記事を呼び出す、<MTEntries >にlastn="1"を入れ、最初の記事のみ表示を呼び出しています。

最初の記事呼び出しが終わったあと、

<$MTInclude module="広告いち"$>
で、広告いちモジュールを入れ、

今度は、記事を呼び出す、<MTEntries 以下を繰り返しますが、ここでもMTEntriesにoffset="1"を入れ、最初以外の記事のみ表示させます。

すべての記事が表示された後

<$MTInclude module="広告に"$>
で、広告にモージュールを入れています。

カテゴリー・月別・日別のテンプレートについても同様に修正すれば、同じようにウエルカムメッセージと広告が表示されるようになります。

Movable TypeのファイルをPHP化している場合は

<div id="main">  
 <$MTInclude module="パンくずリスト"$>
 <h1><$MTGetVar name="page_title"$></h1>  
    <?php include("<$MTBlogSitePath$>welcome.php"); ?>  
 <MTEntries lastn="1">
    <$MTEntryTrackbackData$>
    <$MTInclude module="ブログ記事の概要"$>
 </MTEntries>   
    <?php include('<$MTBlogSitePath$>koukoku1.php'); ?>
 <MTEntries offset="1"> 
    <$MTEntryTrackbackData$>   
    <$MTInclude module="ブログ記事の概要"$> 
 </MTEntries>  
    <?php include('<$MTBlogSitePath$>koukoku2.php'); ?>  
 <$MTInclude module="アーカイブページへのリンク"$> 
 <$MTInclude module="パンくずリスト"$>
</div>

各モジュールをPHPファイルにして入れてるだけですが。
<?php include("<$MTBlogSitePath$>welcome.php"); ?>
<?php include("<$MTBlogSitePath$>koukoku1.php"); ?>
<?php include("<$MTBlogSitePath$>koukoku2.php"); ?>

等でよいと思います。
welcome.php、koukoku1.php、koukoku2.phpの各PHPファイルは、インデックステンプレートで新規作成して追加します。

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